Markus Lehnert wurde 1968 in Schaffhausen/Saar geboren. Seine musikalische Ausbildung begann im Alter von fünf Jahren.

Nach einigen Erfolgen beim Wettbewerb “Jugend musiziert”, studierte er in Saarbrücken Katholische Kirchenmusik (Orgel, Chorleitung, Orchesterleitung).
Parallel hierzu studierte er Musikerziehung und schloss dieses Studium mit einem staatlichen Diplom ab. Anschließend folgte in Frankfurt am Main ein Studium im Orgelkonzertfach. In Mainz legte er die Kantorenprüfung ab.

Markus Lehnert war von 1992 Kirchenmusiker in St. Sebastian/Püttlingen; ab 1995 Lehrbeauftragter an der Universität Kaiserslautern. Er absolvierte Meisterkurse bei Ton Koopman, Ewald Kooiman, Guy Bovet, Frieder Bernius und J. E. Gardiner.

1997 war er Preisträger beim Internationalen Orgelwettbewerb um den “Bachpreis der Stadt Wiesbaden”. Seit April 2000 ist Markus Lehnert Kantor in Steinfurt. Eine rege Konzerttätigkeit sowie Rundfunk- und CD-Aufnahmen runden seine berufliche Tätigkeit ab.